Truyền thuyết kể rằng vào thời nhà Trần, ở làng Bối Khê có một người phụ nữ nằm mộng thấy đức Phật giáng sinh, rồi có mang, sinh ra đứa con trai. Năm lên 9 tuổi, sau khi bố mẹ mất, người con trai ấy bỏ nhà vào tu ở chùa Đại Bi trong làng. Lên 15 tuổi, đến thôn Tiên Lữ, xã Tiên Phương, (huyện Chương Mỹ, Hà Nội ngày nay), thấy cảnh đẹp, người xin yết kiến và theo học kinh kệ với vị trưởng lão tu tại ngôi chùa trên núi. Sau mười năm học đạo, người thanh niên đó hiểu thấu mọi phép linh thông. Vua Trần nghe tiếng, sắc phong là Hòa thượng, đặt hiệu là Đức Minh rồi mời về tu ở chùa trong kinh đô.

Sau khi vị trưởng lão ở chùa Tiên Lữ viên tịch, Hòa thượng Đức Minh xin về làng dựng ngôi chùa mới. Năm 95 tuổi, Sư ngồi vào một cái khám gỗ, từ biệt đệ tử rồi siêu thoát. Một trăm ngày sau, đệ tử mở cửa khám, kim quang Sư bay mùi thơm nức, ngào ngạt gần xa. Dân làng và đệ tử xây tháp để gìn giữ kim thân và tôn thờ là đức Thánh Bối.

Chùa Trăm Gian thu hút hàng trăm ngàn lượt khách gần xa đến tham quan hàng năm và hiện đang được tu bổ xây dựng lại ao sen, gác chuông và 100 gian chùa để đón tiếp đồng bào gần xa đến tham quan. Chùa Trăm Gian được Bộ Văn hóa Thông tin Việt Nam chứng nhận di tích lịch sử quốc gia.